L'Eglise Saint Germain de l'Auxerrois a connu plusieurs phases de construction ce qui justifie ses différentes caractéristiques du gothique prémitif au gothique flamboyant. A partir de 1150 : les premières campagnes de travaux.

L'Evêque de Chartres, Goslin de Lèves, donna l'Abbaye de Saint-Chéron-les-Chartres aux chanoines réguliers de Saint Augustin en 1150. En même temps, il leur octraya de riches bénéfices dont faisaient partie les prieurés Saint Germain de Dourdan et Saint Leonard des Granges le Roi. L'Eglise primitive n'était sans doute pas suffisante pour recevoir cette nouvelle communauté c'est pourquoi les premières campagnes de travaux commencèrent avec la construction d'un nouveau choeur. Début XIIIème Siècle : deuxième campagne de construction des piliers, triforium, fenêtres hautes. Milieu XIIème - début XIVème Siècle : l'Achèvement de l'Edifice : Construction des piliers de la nef et du portail occidental. Ce portail conserve des éléments moulurés et sculptés. Durant la guerre de cent ans, la ville est assiégée par le Comte de Salisbury, l'église, voisine du château subit des dommages. A la fin du XVème Siècle, les parties démolies sont reconstruites. l'Eglise a subit de nouveaux dommages lors des guerres de religions. En 1567, les soldats de Montgomery profanent les reliques de Saint Etienne conservées dans l'église.

A partir de 1790; le prieuré perdit progressivement ses sources de revenu. En 1791, un arrêté du département ordonna la réunion de la paroisse Saint-Pierre à Saint Germain.
L'Eglise a subit une dernière période de reconstructions et de rénovation au XIXème Siècle.